La Cappella dei Magi è un piccolo ambiente posto nel cuore del palazzo, al primo piano.
Progettato da Michelozzo, è costituito da un’aula quadrata e da una scarsella sopraelevata per l’altare. L’accesso avveniva da due ingressi: uno privato, per la famiglia, e uno pubblico per accogliere gli ospiti.
Il soffitto ligneo, opera di Pagno di Lapo, è finemente intagliato e dorato e sembra specchiarsi, per impianto e forme, sul pregiato pavimento in marmi policromi commessi.
Gli affreschi sulle pareti furono realizzati da Benozzo Gozzoli dal 1459 e rappresentano il viaggio dei Magi verso Gesù bambino, raffigurato nella pala d’altare eseguita dalla bottega di Filippo Lippi.

Partendo dalla parete est, il corteo avanza con Gaspare (in bianco), poi con Baldassarre (in verde) sulla parete sud, infine con Melchiorre (in rosso) sulla parete ovest. Alla straordinaria ricchezza dei dettagli e degli ornamenti si accompagna l’accurata raffigurazione del paesaggio e di personaggi del tempo posti entro il corteo sacro: fra questi spiccano Cosimo e Piero de’ Medici, i giovani Lorenzo e Giuliano, Gian Galeazzo Sforza e Sigismondo Pandolfo Malatesta, papa Pio II Piccolomini.